Podľa mňa ide o neobjavený architektonický skvost medzi železničnými stanicami. Vybudovaná bola v roku 1962 a dá sa odtiaľto cestovať na Hlavnú stanicu, smerom do Trnavy, Senca, Petržalky i do Dunajskej Stredy. V období 2001-2007 prešla rekonštrukciou a je škoda, že jej potenciál nie je využívaný naplno.
V roku 1952 vybudovali traťové prepojenie zo stanice Bratislava predmestie s traťou Bratislava Nové Mesto – Komárno, na ktorej v lokalite Ondrejovského cintorína vznikla odbočka Bratislava cintorín. V súvislosti s novým územným plánom Bratislavy rozhodli aj o prestavbe železničného uzla. Vznikla koncepcia bratislavskej obvodovej železničnej komunikácie.
Jej cieľom bolo vylúčenie železnice z centra rozvíjajúceho sa mesta. To znamenalo odstránenie železnice na úsekoch Bratislava filiálka – Bratislava Nové Mesto – Bratislava Petržalka, na ktorej bolo desať úrovňových priecestí. Na trase obvodovej železničnej komunikácie vybudovali novú železničnú stanicu Bratislava Nové Mesto, ktorú uviedli do prevádzky v roku 1962. Pôvodná stanica Bratislava Nové Mesto dostala nový názov Bratislava Nivy. Do novej stanice Bratislava Nové Mesto 27. mája 1962 zapojili aj trať z Komárna.
Po tom, ako otvorili hraničný prechod Bratislava Petržalka – Kittsee, výrazne vzrástol počet prechádzajúcich nákladných vlakov medzi stanicou Bratislava východ a Viedňou.
V rokoch 2001 až 2007 zrekonštruovali stanicu. Vyčistili fasádu budovy stanice, nainštalovali elektronický informačný systém, obnovili nástupištia, toalety a osobnú pokladnicu. Stanica je prispôsobená pre imobilných cestujúcich. Celkové náklady boli vo výške asi 900 tisíc eur. V priestoroch stanice otvorili aj prvé zákaznícke centrum spoločnosti RegioJet.
Stanicu používajú ako druhú koncovú stanicu v bratislavskom uzle a ako odstavné koľajisko. Poskytuje podporu pre bratislavskú hlavnú stanicu, napríklad pri rekonštrukcii, keď sú sem presmerované niektoré vlaky.
Cez systém železničných prepojení v rámci Bratislavy je stanica Bratislava Nové Mesto napojená na hlavné európske železničné koridory. IV. koridor spája Nemecko s Rumunskom, pričom jeho trasa na území Slovenska dosahuje dĺžku približne 80 km. V. transeurópsky koridor vytvára spojenie medzi Talianskom a Ukrajinou a na Slovensku je dlhý 548 km.